技術屋にゃん兵衛のてくてくらぼ by データウィズ [DataWith]

気の向くままソフトについて書いてます。バリバリエンジニアではないのであくまでも初心者目線で。

PubChemからChemSketchに構造式を取り込む

PubChemからChemSketchに構造式を取り込む

 

おそらく、PubChemに登録されているものであれば、一から化学構造式を描画する手間を省こうとすると思います。

 

例えば、前回のように「インドメタシンを書きたい」と思ったら、どっかから構造式データをダウンロードしてきて、読み込ませるでしょう。

 

なので、PubChemで検索して、構造式データをダウンロードし、ChemSketchに取り込むまでの手順を確認します。

 

  1. まずはPubChemのIndomethacinのページを開きます。

  2. 下にスクロールしていくと「Structures」というセクションがあります。この右上の「Download Coordinates」を選択します。

  3. 今回はSDF形式を使います。「Save」をクリックすると、ダウンロードされます。

  4. ChemSketchで「File」>「Open…」で、ダウンロードしたファイルを開きます。

  5. 確認画面が出るので「Yes」。

  6. なんかすごいことになってしまった。。。

  7. PubChemのページで、「DOWNLOAD COORDINATES」の「Display」をクリックすると確かに画面にあるような情報が入っています。余計な分は手で消すしかなさそうです。
  8. ならば、ということで今度は「InChI」をダウンロードして、ChemSketch側で描かせることにしました。

  9. ChemSketchで「Tools」>「Generate」>「Structure from InChI」を選びます。

  10. PubChemからコピーしたテキストを貼り付けます。

  11. 「OK」とすると、見事に取り込まれました。多分こっちのやり方のほうが早いかな。

ではでは。