2024-01-01から1年間の記事一覧
ChemSketchでLogPを計算する ChemSketchにはデフォルトでLogPを計算するアドオンが付いています。 今回はテンプレートからアミノ酸を一つ選んで、LogPを計算させてみます。 「Templates」から「Template Window」を選択します。 Templateメニュー 左のメニュ…
RedmineベースのRedmine X を使ってみる（１５．ログイン画面にお知らせを掲載する） Redmine XのWebサイトはこちら redmine-x.com 定期メンテナンスとかでシステムを止めるとき、ログイン画面にその告知を掲載したい時があります。 そういうときの手順を確…
RedmineベースのRedmine X を使ってみる（１４．長期休暇の定義） Redmine XのWebサイトはこちら redmine-x.com 日々の有給休暇ではなく、長期の休暇、たとえば、夏休みなどを登録する方法を見てみます。 メンバーの休暇は、プロジェクト単位の設定ではなく…
XMLBluePrintでXPathを使う方法 XMLBluePrintには、データの内容を確かめながらXPathの記述を確認する機能があります。 今回は、XMLのサンプルとして、PMDAに登録されている医薬品の情報を使ってみましょう。PMDAのXMLはあらかじめ定義されているスキーマに…
ChemSketchでベンゼン環にヒドロキシ基をつける 次のようにベンゼン環にヒドロキシ基を付けたいとします。 ベンゼン環を書きます。 左のツールバーから酸素を選んで、 で、クリックすると、 のようになってしまうことがあります。 これは、原子をどのように…
ChemSketchで炭素鎖を作る 今更なんですが。ちょっと書いておきます。 ChemSketchで、次のような構造を書きたいとします。 描きたい構造式 で、まずベンゼン環を画面右のツールバーから選んで配置します。 次に飛騨率のツールバーで炭素を選び、ベンゼン環の…
ChemSketchの表示変更のTIPS 水素原子を表示する ケクレ構造式とロビンソン構造式を切り替える 原子に番号をつける の３つについてです。全部一つのメニューでできるので、操作は簡単。 【水素原子を表示する】 サンプルとして、次の２つの構造式を書きまし…
XMLBluePrintでWordファイルを開いてみた Microssoft Wordのdocx形式は、XMLであることを知っている人は多いと思います。 例えば、 Test_file.docx の拡張子をzipに変えて Test_file.zip として、解凍してみると、次のようになります。 Wordファイルのzipを…
ChemSketchのテンプレート機能の使い方（３：新しいテンプレートの作成） 自分独自のテンプレートを作るのは、ざっくりとは、次の流れになります。 まず、テンプレートに入れたい構造式をいっぱい入れたファイルを作る そのファイルをテンプレートとして登録…
ChemSketchのテンプレート機能の使い方（２：その他の「Templates」メニュー項目） 前回に続いてChemSketchのテンプレート機能の続きです。 今回は「Table of Radicals」と「Periodic Table」について、本当に軽く。 ChemSketchの「Templates」メニュー 【Ta…
ChemSketchのテンプレート機能の使い方（１：既存テンプレート） 前回更新から、ずいぶんと期間が開いてしまいました。リアルが忙しい。 ChemSketchには便利なテンプレート機能があります。 予め登録されているものを使うこともできますが、自分で作成したも…
ChemSketchでレイアウトを調整する 少しご無沙汰でした。。。 以前に反応式を書いたときのように、それぞれの項目の微妙な調整をするときには少し設定を触っておいたほうが良いようです。 今回は ルーラーの表示 グリッドの表示 印刷時のページの印刷範囲 の…
ChemSketchで化学反応式を書く １つの分子を論文とかに貼るのであればわざわざソフトを使って構造式を書かなくても、オンラインのサービスなどから画像ファイルを取ってくるだけで済みます。 化学系の描画ソフトを使う必要が出てくるのは化学反応式を書くと…
XMLファイルのテキスト部分だけを目立たせる方法（XMLBluePrint） XMLファイルを編集するとき、不用意にタグを編集してしまうリスクを減らす必要があります。 もちろん、最終的にバリデーションするでしょうから、編集途中はあまり気にしなくてもよい、とい…
ChatGPT/GeminiでSMILES/InChIを生成させるとどうなるか ではやってみます。 ChatGPT + SMILES ChatGPTに「インドメタシンのSMILESを生成して」と入力します。 応答は、、、 念のため、ChemSketchで確認します。 ChatGPTの表記をコピーします。 ChemSketchの…
ChemSketchで3D表示する 化学構造式を3Dで表示することもあります。 ChemSketchには「3D Viewer」の機能があるようなので、試してみました。 「ACD/Labs」に「3D Viewer」というのがありますので、選択します。 普通、こういう動きだと、現在2Dで表示されて…
Wolfram 言語実行環境 WLJS がアップデートされた 何日か、WLJSのWebサイトにアクセスできない期間があったのですが、つながるようになってみると、なんと大きくバージョンが上がっていることがわかりました。 おさらいのために。 WLJSというのは、Wolfram M…
PubChemからChemSketchに構造式を取り込む おそらく、PubChemに登録されているものであれば、一から化学構造式を描画する手間を省こうとすると思います。 例えば、前回のように「インドメタシンを書きたい」と思ったら、どっかから構造式データをダウンロー…
ChemSketchで簡単「構造＞名前」変換とPubChem情報 フリーのACD/ChemSketchで、化学構造式からIUPAC名やSMILESを生成できるので、それを書いておきます。 あとついでに、PubChemの検索機能も。 ChemSketchは、個人の趣味範囲であれば無料で使えるようなので…
前回は大学側の観点から書いたんですが、今回はソフトの開発側から「鶏と卵」の話をしたいと思います。 そもそも、なぜ教育用のソフトウェアのライセンスは企業で買う時よりも安いのか？それも格安で。 以下、わたしの考察です。 開発側としては、「ソフトウ…
これは、以前から思っていたことなんですが、改めて文章としてまとめてみたいと思います。 大学で学生にあるソフトウェアを使わせようとした時、４つの選択肢があるんじゃないかと。 教官が自身の研究用に使い慣れたソフトを使わせる 学生が将来就職するとき…
XMLBluePrintでXMLからXSDを生成する これまで使ってきた法令のXMLファイルからXSDを生成してみます。 その後、WebでダウンロードできるXSDファイルと比較して、どれぐらい差があるかを見てみます。 まずはこれまで通り、法令のXMLファイルをXMLBluePrintで…
XMLBluePrintの日本語の表示問題が直った件 以前の記事で、表示を「游ゴシック」から「MS ゴシック」に変えたら、文字が重なってしまってひどいことになってしまう、と書きました。 で、XMLBluePrintの開発元に連絡してみたら、なんと、すぐに修正してくれて…
XMLエディター・XMLBluePrintでExcelをXMLに変換してみた 次のようなExcelファイル（.xlsx）があるとして、これをXMLBluePrintを使ってXMLに変換する方法をまとめたので、それを書きます。 （カッコよく見せるために。少しお堅めのタイトルを選んでみました …
XMLエディター・XMLBluePrintのセキュリティの問題は解決済 XMLBluePrintで検索すると、 https://jvndb.jvn.jp/ja/contents/2019/JVNDB-2019-013889.html のようなセキュリティの問題がヒットします。 これ以外には日本語ページがないせいかもしれませんが。…
XMLエディター・XMLBluePrintを使ってみた システム間のデータの受け渡しは、XML、JSONを使うことも増えてきました。 XMLのデータの確認にVisualStudioを使っていたのですが、もう少しXMLを扱いやすくて、かつそんなに高くないものはないかな、と探していた…
Wolfram Engine 14.0が出たのでWLJSを試してみた Mathemticaに少し遅れて、Wolfram Engine 14.0がダウンロードできるようになりました。 なので、まずは、WLJSで動くか試してみました。 WLJSは、バージョン0.7.xです（起動したとき、新しいバージョンがあれ…
RedmineベースのRedmine X を使ってみる（１３．ユーザーとグループとロールの関係） Redmine XのWebサイトはこちら redmine-x.com いろいろ設定していく中で、権限やできることを整理する目的で、「ユーザー」「グループ」「ロール」の関係を一度整理してみ…
RedmineベースのRedmine X を使ってみる（１２．ステータスの変更） Redmine XのWebサイトはこちら redmine-x.com プロジェクトが始まると、チケットに進捗度を入力したり、ステータスを変更して、プロジェクトの進行を管理します。 今回は、チケットのステ…
RedmineベースのRedmine X を使ってみる（１１．子チケットの作成） Redmine XのWebサイトはこちら redmine-x.com プロジェクトの階層化については以前に書きました。今回はチケットの階層化です。 前回まで触っていた「機材調達」のチケット（タスク）をさ…
