技術屋にゃん兵衛のてくてくらぼ by データウィズ [DataWith]

気の向くままソフトについて書いてます。バリバリエンジニアではないのであくまでも初心者目線で。

ChemSketchでLogPを計算する

ChemSketchでLogPを計算する

 

ChemSketchにはデフォルトでLogPを計算するアドオンが付いています。

今回はテンプレートからアミノ酸を一つ選んで、LogPを計算させてみます。

 

  1. 「Templates」から「Template Window」を選択します。

    Templateメニュー
  2. 左のメニューで「Amino Acids」を選びます。

  3. 今回はグルタミン(下記)を選択します。

  4. 描画画面に貼り付けます。この構造式が選択された状態(周囲に8つの点が付いた状態)にしておきます。

  5. 「Add-Ons」から「Calculate LogP」を選択します。

    Calculate LogPを選択
  6. 次の画面が表示され、「Calculated LogP: -1.67+/-0.47」と、結果が表示されます。

    LogPの計算結果
  7. これだけです。

 

「Add-Ons」メニューから選択したことからもわかるように、LogP計算は追加機能です。もし、「Calculate LogP」がメニューになかったら、何らかの理由でこのアドオンをオフにしている可能性があります。

 

オンにするには「Options」から「Add-On Organizer」を選択します。

Optionsメニュー

リストから「ACD/LogP Calculator Add-On」にチェックを入れ、「OK」をクリックします。

Add-on Organizer

この画面で「Add-Ons」メニューの内容をコントロールできることはちょっと頭の片隅に入れておくといいかも。

もし、どこかからアドオンを入手したときに、この画面で「Add…」を選べばそれをメニューに追加できます。

RedmineベースのRedmine X を使ってみる(15.ログイン画面にお知らせを掲載する)

RedmineベースのRedmine X を使ってみる
(15.ログイン画面にお知らせを掲載する)

 

Redmine XのWebサイトはこちら

redmine-x.com

 

定期メンテナンスとかでシステムを止めるとき、ログイン画面にその告知を掲載したい時があります。

そういうときの手順を確認します。

以下は、管理者権限でログインしている必要があります。

 

左上のハンバーガーメニューから「管理」を選びます。

「管理」メニュー

管理画面の一覧から「Additionals」を選択します。

「Additionals」を選択

「ログイン画面の文章」に文章を入れれば、ログイン画面にその文章が表示されます。

ここでは

「定期メンテナンスのお知らせ:202X年YY月ZZ日(日)15:00~17:00 にメンテナンスのためシステムが停止します。ご注意ください。」

と表示することにします。

ログイン画面に表示されるテキストを入力

画面下部の「適用」をクリックします。設定できたら次のように表示されます。

さて、ログイン画面に本当に表示されるでしょうか。

 

ログアウトします。ちなみにログアウトは、左のハンバーガーメニューの一番下。

 

次のようになってしまいました。

ただ、これはChromeの場合のようです。

(追記:開発元に連絡したところ、2024年8月の時点でこの問題は解消されました。ログインボタンの下の、「Happiness is a ...」と書かれている部分が、置き換わって表示されます。よかった!)

Chromeでのログイン画面

Edgeで開くと、次のようにキチンと表示されます。

Edgeでのログイン画面

よかった(のかな)。

RedmineベースのRedmine X を使ってみる(14.長期休暇の定義)

RedmineベースのRedmine X を使ってみる(14.長期休暇の定義)

 

Redmine XのWebサイトはこちら

redmine-x.com

 

日々の有給休暇ではなく、長期の休暇、たとえば、夏休みなどを登録する方法を見てみます。

メンバーの休暇は、プロジェクト単位の設定ではなく、システム全体の設定となります。一人がプロジェクトを掛け持ちしたり、プロジェクト間を移動したりすることがあるから当然ですね。

メニューから「Vacations」を選択

ログインした状態(表示している画面はどれでもいいです)で、左上のハンバーガーメニューから「Vacations」を選択します。

すると、(すでに終わったものも含めて)登録されている休暇が表示されます。

さて、今回はユーザー「bradpitt」が夏休みをとることを想定しましょう。8月の最終週にカリブの島に骨休めに行くようです。

リスト下の「NEW」をクリックします。

「User」から「bradpitt」を選択します。

休暇を取るユーザー

「Start」と「End」の日付をカレンダーから選択します。

休暇の期間を設定

終わったら、下の「SAVE」ボタンを押します。

登録が終わると次のようになります。もう一度編集するときは「EDIT」をクリックします。取り消すときは「DESTROY」です。

「LIST」をクリックして、元のリスト画面に戻ります。

正しく登録できていることがわかります。

登録された休暇

さて、このように登録された休暇はどのように扱われるのでしょうか?

プロジェクト一覧から「bradpitt」がメンバーとして登録されている「ラスベガス現金強奪」を選びます。

画面上の「チケット」ボタンをクリックしてチケット(タスク)一覧を表示します。

チケット(タスク)一覧

「新しいチケット」をクリックして、新しく定義してみます。

前回ラスベガスでプロジェクトをやってから、まだ1年経っていないので同じラスベガスでやるのは危険かもしれないですが、そろそろ警戒が緩んでいるだろうということで、別なカジノの下見を始めます。実行はまだずいぶん先になるでしょう。

「担当者」の欄を「Brad Pitt」にします。

で、「開始日」と「期日」の設定ですが、彼が夏休みをとっている時間にあえて設定してみましょう。

開始日「8/27」、記述「8/30」です。

「作成」ボタンを押します。

新しいチケット(タスク)を定義

う~む。普通に作成されてしまったか。。。

何かアラートとか出ると期待したんだけどなあ。そこまでの機能は実装されていないようです。

定義した休暇はカレンダーには表示されます。

「Calender」を選択

画面上の「All tasks」をクリックして、全タスクを表示します。

色が薄くて見えにくいのですが、「Vacations」で定義した期間にバーが表示されていて、マウスオーバーすると、そのメンバー名と期間が表示されます。

バーがあることで「おっ、誰か休むのか」と分かるようになります。

カレンダーの表示

 

使い方としては、プロジェクトマネージャーがタスクをアサインするときに、「Vacations」をみて、定義しようとしたタスクの期間に割り当てようとしていたメンバーが休みをとっていないかを確認する、ということになります。

XMLBluePrintでXPathを使う方法

XMLBluePrintでXPathを使う方法

 

XMLBluePrintには、データの内容を確かめながらXPathの記述を確認する機能があります。

今回は、XMLのサンプルとして、PMDAに登録されている医薬品の情報を使ってみましょう。PMDAのXMLはあらかじめ定義されているスキーマに従っているので、どの医薬品の情報でも同じように扱うことができます。

※PMDA:独立行政法人医薬品医療機器総合機構

  1. ダウンロードしてきたXMLファイルをXMLBluePrintで開きます。

    PMDAからダウンロードしてきた医薬品XML

  2. 「表示」>「XPath」を選択します。


  3. 左側にXPath用パネルが開きます。

    XMLBluePrintのXPathパネル

  4. XPathとして、

    //ApprovalBrandName

    と入力すると、その下に<ApprovalBrandName>のデータが表示されます。
    「//」と入力すると、XML内で定義されているタグ一覧が見えるのでそこから選択すれば、タイポもなくなります。

    XPathで抽出されたデータ

  5. ここでXPathパネルの上のボタン、メニューを見てみます。


  6. 左の3つは、どの情報をパネル内に表示させるかです。今表示されているものは赤枠で囲まれています。


    「1x」は、該当するものが1つある、ということです。
    ちなみに左から3番目のボタンをクリックしてオフにすると、次のようになります。
  7. もう少し違うXPathを入れてみましょう。文字列を検索してみます。

    //TrademarkName[contains(text(), 'Tranexamic')]

    結果は、、、

  8. 次は、「ApprovalBrandName」のように<Lang>がその下にある場合です。つまり次のような場合。


  9. ここはXPathのパス(Path)が活きることになります。つまり、XMLのタグの再送を示せばいいわけです。
    ということで、

    //ApprovalBrandName/Lang[contains(text(), 'トラネキサム')]

    と書きます。すると正しく見えました。

     

    ただ、これだとあくまでも<Lang>の情報で、その上位の階層は検索画面で見るしかないので、ご注意を。
    XPathの記述が正しいかを見るのであればこれで十分ですが

 

ここまで、医薬品のXMLファイルを使ったのですが、XPathのテストには向いていない気がしました。というのも、ほぼどのタグも1回しか出てこないので。

なので、以前にも使った法令で試すことにしました。今回は下記からサンプルの法令データをダウンロードしました。

https://laws.e-gov.go.jp/help/#sample-data

e-GOVの法令サンプルデータ

 

「サンプル法令1」は次のようなものです。

複数の情報が返ってきてほしいので、XPathを次のようにしました。

//TableColumn

結果は、「16x」ということで16個のデータが返ってきました。

最初からこちらを使えばよかった。

ChemSketchでベンゼン環にヒドロキシ基をつける

ChemSketchでベンゼン環にヒドロキシ基をつける

次のようにベンゼン環にヒドロキシ基を付けたいとします。

ベンゼン環を書きます。

左のツールバーから酸素を選んで、

で、クリックすると、

のようになってしまうことがあります。

これは、原子をどのように書いていくかの設定が違うためです。こういう場合、次にようにすれば描けるようになります。

 

画面上部のツールバーで「Draw Normal」になっていると思うので、「Draw Continuous」に切り替えます。

この状態で、先ほどのベンゼン環の炭素を2回クリックすると、ヒドロキシ基がつきます。

わかってしまえばなんてことないんですが。

ChemSketchで炭素鎖を作る

ChemSketchで炭素鎖を作る

 

今更なんですが。ちょっと書いておきます。

ChemSketchで、次のような構造を書きたいとします。

描きたい構造式

で、まずベンゼン環を画面右のツールバーから選んで配置します。

次に飛騨率のツールバーで炭素を選び、ベンゼン環の右上の炭素をクリックします。

鎖を伸ばすためにCH3をそのままでクリックします。と、ここまでは問題ありません。

とここまでは全く問題ないのですが、鎖を伸ばすためにCH3をそのままでクリックすると、下に伸びます。

もう一回、クリックすると次のようになります。どうもデフォルトでは環を作るように伸びるようです。

そうじゃなくて、「右に伸ばしていきたいんだよ」ということです。Ctrl+Zで少し戻します。

さて、ここでどうするか。

実は、「Ctrl」キーを押しながらCH3をクリックすると、右に伸びます。

もう一回やると次のように伸びていきます。

で、ここでCtrlを使わずにクリックすると環を作るように伸びていきます。

「Ctrl」キーを押すだけの簡単なことなのですが、最初使うときに「あれっ」と思うかもしれないので記録しておきますね。

ChemSketchの表示変更のTIPS

ChemSketchの表示変更のTIPS

 

  • 水素原子を表示する
  • ケクレ構造式とロビンソン構造式を切り替える
  • 原子に番号をつける

の3つについてです。全部一つのメニューでできるので、操作は簡単。

 

【水素原子を表示する】

サンプルとして、次の2つの構造式を書きました。

「Tools」>「Add Explicit Hydrogens」(明示的な水素の追加)を選びます。
(Ctrl+Shift+Yキーでもできますよ)

「Add Explicit Hydrogens」メニューを選択

すぐに表示が切り替わります。

水素が表示された

描画領域で何も選択していないと、表示されている全部の構造式に適用されます。

特定の構造式を選択している状態でメニューを選択すると、その構造式にだけ水素が表示されます。

 

「Remove Explicit Hydrogens」で、表示を消すことができます。(Ctrl+Shift+Rキーでもできますよ)

【ケクレ構造式とロビンソン構造式を切り替える】

次は芳香環の表示の切り替えです。

「Tools」>「Show Aromaticity」を選びます。
(Ctrl+Shift+Aキーでもできます)

「Show Aromaticity」メニューを選択

に変わりましたね。

「Hide Aromaticity」で、元に戻すことができます。(Ctrl+Shift+Hキーでもできます)

 

【原子に番号をつける】

原子への番号付けは次の通り。

「Tools」>「Auto Renumbering」を選びます。
(Ctrl+Shift+Nキーでもできます)

「Auto Renumbering」メニューを選択

構造式を選択していない状態だと、表示されているすべての構造式に対してと番号が付けられます。構造式を選択していると、その部分にだけ番号が付きます。

全体に通しの番号が付く

一つを選択して番号をつけ、さらにもう一つを選択して番号付けをすると、次のように、それぞれが1から始まるようにすることができます。

構造式ごとに番号を付けたところ

番号を消すには、「Clear Numbering」で、元に戻すことができます。(Ctrl+Shift+Lキーでもできます)

 

ここで、特定の原子だけ選択して、「Clear Numbering」をすると、次のように特定の原子だけ、番号を表示しないようにできます。ただし、番号が付け代わるわけではないので、下記の場合、「6が欠番」となります。

1つの原子の番号だけClearすると

番号は表示された状態で、「Add Explicit Hydrogens」をするとどうなるか。

番号付け後に水素を表示

番号付けは自動的にはされないようです。水素を表示した状態で、「Auto Renumbering」をすると表示されます。

再番号付けをする

今回は小ネタですみません。