技術屋にゃん兵衛のてくてくらぼ by データウィズ [DataWith]

気の向くままソフトについて書いてます。バリバリエンジニアではないのであくまでも初心者目線で。

ChemSketchで化学反応式を書く

ChemSketchで化学反応式を書く

 

1つの分子を論文とかに貼るのであればわざわざソフトを使って構造式を書かなくても、オンラインのサービスなどから画像ファイルを取ってくるだけで済みます。

 

化学系の描画ソフトを使う必要が出てくるのは化学反応式を書くときでしょう。

ここでは、ChemSketchを使って、分子式で表された簡単な反応式を書く手順を書きます。

 

今回はベンゼンの燃焼。

C6H6 + O2 = CO2 + H2O

です。

 

  1. ChemSketchの右のバーから「ベンゼン環」(Benzene)を選びます。

  2. マウスカーソルで配置したい場所に行き、描画領域でぽちっとします。

    ここで、位置を動かしたいときは、左上の「Select/Move」を押して、今、配置したものを選択すれば動かせます。

  3. 次は酸素。左側のツールバーで「O」(Oxygen)を選択して、描画領域でぽちっとします。すると、H2Oの水となります。なんか、イメージと違うなー。強制的に水素がつくんか。

  4. この状態(つまり、まだ「O」が配置できる状態)で、表示されている水をぽちっとすると次のようになります。

  5. で、ここで酸素間のボンドをプチっとすると、ようやく酸素になった。

    もっと簡単な手順があるのかな。
  6. 上のツールバーから「+」(Reaction Plus)を選択して、ベンゼンと酸素の間に置きます。

  7. さて次は生成物側の水と二酸化炭素。水は、さっき出てきた「O」を使います。

    二酸化炭素は、次のようになります。CO2はそのままでもいいんですがあえて書き起こしてみます。

    意外と面倒?
  8. 「C」をクリックして、まずはメタンを書きます。次に「O」クリックして水を2つ書きます。

  9. で、これを線でつなぐと次のようになります。

  10. 酸素のところでやったようにボンドをクリックして2重結合にすれば完成。

  11. 見栄えを整理します。「Tools」メニューから「Clean Structure」を選びます。

  12. で、最後に反応矢印です。

  13. 段がついていたりするので、きれいに配置したいけど、反応式の「Clean」コマンドが見当たらない。。。

    仕方がないので今回はグリッドを表示して、手で成形した。

    まずはグリッドを表示。「Snap on Grid」をオンにしておけば、移動するときに、グリッドに従って移動できるので、比較的きれいにできます。

二酸化炭素を簡単に書く方法を探さなくては。。。