ChemSketchでLogPを計算する ChemSketchにはデフォルトでLogPを計算するアドオンが付いています。 今回はテンプレートからアミノ酸を一つ選んで、LogPを計算させてみます。 「Templates」から「Template Window」を選択します。 Templateメニュー 左のメニュ…

ChemSketchでベンゼン環にヒドロキシ基をつける 次のようにベンゼン環にヒドロキシ基を付けたいとします。 ベンゼン環を書きます。 左のツールバーから酸素を選んで、 で、クリックすると、 のようになってしまうことがあります。 これは、原子をどのように…

ChemSketchで炭素鎖を作る 今更なんですが。ちょっと書いておきます。 ChemSketchで、次のような構造を書きたいとします。 描きたい構造式 で、まずベンゼン環を画面右のツールバーから選んで配置します。 次に飛騨率のツールバーで炭素を選び、ベンゼン環の…

ChemSketchの表示変更のTIPS 水素原子を表示する ケクレ構造式とロビンソン構造式を切り替える 原子に番号をつける の３つについてです。全部一つのメニューでできるので、操作は簡単。 【水素原子を表示する】 サンプルとして、次の２つの構造式を書きまし…

ChemSketchのテンプレート機能の使い方（３：新しいテンプレートの作成） 自分独自のテンプレートを作るのは、ざっくりとは、次の流れになります。 まず、テンプレートに入れたい構造式をいっぱい入れたファイルを作る そのファイルをテンプレートとして登録…

ChemSketchのテンプレート機能の使い方（２：その他の「Templates」メニュー項目） 前回に続いてChemSketchのテンプレート機能の続きです。 今回は「Table of Radicals」と「Periodic Table」について、本当に軽く。 ChemSketchの「Templates」メニュー 【Ta…

ChemSketchのテンプレート機能の使い方（１：既存テンプレート） 前回更新から、ずいぶんと期間が開いてしまいました。リアルが忙しい。 ChemSketchには便利なテンプレート機能があります。 予め登録されているものを使うこともできますが、自分で作成したも…

ChemSketchでレイアウトを調整する 少しご無沙汰でした。。。 以前に反応式を書いたときのように、それぞれの項目の微妙な調整をするときには少し設定を触っておいたほうが良いようです。 今回は ルーラーの表示 グリッドの表示 印刷時のページの印刷範囲 の…

ChemSketchで化学反応式を書く １つの分子を論文とかに貼るのであればわざわざソフトを使って構造式を書かなくても、オンラインのサービスなどから画像ファイルを取ってくるだけで済みます。 化学系の描画ソフトを使う必要が出てくるのは化学反応式を書くと…

ChemSketchで3D表示する 化学構造式を3Dで表示することもあります。 ChemSketchには「3D Viewer」の機能があるようなので、試してみました。 「ACD/Labs」に「3D Viewer」というのがありますので、選択します。 普通、こういう動きだと、現在2Dで表示されて…

PubChemからChemSketchに構造式を取り込む おそらく、PubChemに登録されているものであれば、一から化学構造式を描画する手間を省こうとすると思います。 例えば、前回のように「インドメタシンを書きたい」と思ったら、どっかから構造式データをダウンロー…

ChemSketchで簡単「構造＞名前」変換とPubChem情報 フリーのACD/ChemSketchで、化学構造式からIUPAC名やSMILESを生成できるので、それを書いておきます。 あとついでに、PubChemの検索機能も。 ChemSketchは、個人の趣味範囲であれば無料で使えるようなので…

これは、以前から思っていたことなんですが、改めて文章としてまとめてみたいと思います。 大学で学生にあるソフトウェアを使わせようとした時、４つの選択肢があるんじゃないかと。 教官が自身の研究用に使い慣れたソフトを使わせる 学生が将来就職するとき…

Google Colaboratoryで化学構造式を使う 脱線が好きなので、いろいろ飛びますがご容赦を。 RDKitを使うと化学構造式をPythonで使うことができる。 Google Colaboratory（以下、Google Colab）を使うとそれなりに化学構造式を書くことができたので少し書いて…