ChemSketchで簡単「構造＞名前」変換とPubChem情報
フリーのACD/ChemSketchで、化学構造式からIUPAC名やSMILESを生成できるので、それを書いておきます。
あとついでに、PubChemの検索機能も。
ChemSketchは、個人の趣味範囲であれば無料で使えるようなので、ありがたいです。わたしは化学者ではないので、これで研究をすることはありません。
単純に、Pythonなどの環境で化学構造式を扱えるかを確認したいだけなので。
以前に、Google Colaboratoryで化学構造式を書いてみました。
ここでは、すでにACD/ChemSketch (Freeware)がインストールされているところから始めます。
今回、名前を生成しようと思うのは、次のものです。
- ツールバーの一番左、「Select/Move」ボタンをクリックして、構造式を囲んで選択します。
- 「Tools」＞「Generate」＞「Name for Structure」を選択します。
- あっというまに、IUPAC名が生成されました。
- 今度はこの構造式のSMILES形式を生成してみます。「Tools」＞「Generate」＞「SMILES Notation」です。
- こちらもあっという間。
- ちょっと蛇足で、ここからPubChemも検索できるようなのでテスト。
- 今回は、完全一致を検索（Search Exact Structure）で、結果をChemSketchで表示（In ChemSketch）を選んで「OK」とします。
- 少し待つと…
- 結果は次の通り。いい感じです。「Indomethacin」（インドメタシン）という一般名がわかります。
企業で業務に使っちゃあいけないのだろうけれども、趣味で使う、学生が使う分にはChemSketchは十分すぎ。
